En caso de modificación de facturas AEAT establece: 

"Cuando la factura es correcta pero la anotación en el Libro registro no se ha hecho correctamente, no afectando a los datos de identificación del emisor, número de factura y fecha de expedición (en cuyo caso procederá dar de baja el registro – ver FAQ 2.11), se enviará un nuevo registro con el número de la factura original y con el tipo de comunicación A1 “Modificación de facturas/registros (errores registrales)”"

Para más información pulse aquí. Si tiene alguna duda consulte con su asesor o con la AEAT. 

PROCEDIMIENTO

1. Acceda a "Módulos à Módulo SII à Módulo S.I.I" o pulse sobre el botón ContanetSII

2. En la pestaña Correcto o Aceptada con Errores localice y seleccione la(s) factura(s), pulse con el botón derecho y escoja Quitar período de presentación para modificar en Contanet y subir como A1

3. En Contanet, busque la factura y edítela.  

4. Entre en el Modulo SII, pulse Importar Facturas del Libro de Impuesto

En Comunicación la factura es A1 Modificación de facturas/registros (errores registrales) 

Nota: Antes de informar el documento a AEAT, podrá ajustar el año y período de la factura, si selecciona el(os) registro(s) con el botón derecho Ver detalles ó pulsando en el botón Editar registro 

5. Pulse Generar y Enviar Fichero a la Agencia Tributaria